関西在住ですが、東京の会社に転職を希望するのは不利でしょうか？

「面接のために東京まで出向くことを厭わない」「採用されればすぐに転居するつもりである」ということを応募書類や面接でアピールできれば、現住所が関西でも不利になることは少ないでしょう。むしろ「居住地を変えても構わないくらい当社に興味を持ってくれている」と好意的に受け取られることもあります。

なお、内定後の転居にかかる費用が個人負担になるかどうかは、会社によりさまざまです。何はともあれ応募し、面接の場で双方の考えを確認するほうがよいでしょう。